Berbagai sanitaiser kimia tersedia untuk digunakan dalam pengolahan dan pelayanan makanan. Sanitaiser kimia bervariasi dalam komposisi kimia dan aktivitas, tergantung pada kondisi. Pada umumnya, makin pekat suatu sanitaiser, kerjanya makin efektif dan makin cepat.

Untuk memilih sanitaiser yang paling sesuai untuk suatu aplikasi yang spesifik, maka perlu dimengerti sifat-sifat dari suatu sanitaiser kimia. Oleh karena sanitaiser kimia tidak mampu berpenetrasi, maka mikroorganisme yang terdapat dalam retakan-retakan, celah-celah, lubang-lubang, dan dalam cemaran mineral tidak dapat dihancurkan seluruhannya. Agar sanitaiser yang dicampurkan dengan bahan pembersih bekerja secara efektif, maka suhu larutan pembersih harus 55°C atau lebih rendah dan cemaran yang ditimbulkan (yang ada) hanya ringan. Efektivitas suatu sanitaiser kimia dipengaruhi oleh faktor-faktor fisik dan kimia seperti yang dijelaskan berikut ini :

a. Waktu kontak

Telah diketahui dari penelitian terdahulu bahwa kematian populasi mikroorganime mengikuti suatu pola logaritmik, menunjukkan bahwa bila 90 persen dari populasi dibunuh dalam satu satuan waktu berikutnya, meninggalkan hanya 1 persen dari jumlah awal. Populasi mikroba dan populasi sel mempunyai kepekaan yang bervariasi terhadap sanitaiser, yang disebabkan oleh umur sel, pembentukan spora, faktor-faktor fisiologis lain yang menentukan waktu yang dibutuhkan untuk sanitaiser agar efektif.

Waktu kontak minimum 2 menit untuk peralatan dan perlengkapan, kemudian ada waktu selang 1 menit setelah kontak tersebut, sebelum alat digunakan.

b. Suhu

Laju pertumbuhan mikroflora dan laju kematian disebabkan oleh bahan kimia akan meningkat dengan naiknya suhu. Akan tetapi suhu yang lebih tinggi, umumnya akan menurunkan tegangan permukaan, meningkatkan pH, menurunkan viskositas, dan menimbulkan perubahan-perubahan lain yang dapat memperkuat daya bakterisidalnya. Pada umumnya kecepatan sanitasi akan sangat melebihi laju pertumbuhan bakteri, sehingga efek terakhir dari peningkatan suhu adalah untuk meningkatkan kecepatan destruksi bakteri.

Suhu optimum praktis untuk sanitasi adalah 70 - 100°F (21,1 - 37,8°C). Kenaikan suhu 18°C umumnya akan mengubah efektivitas dua kali lipat. Yodium bersifat mudah menguap dan hilang dengan cepat pada suhu di atas 120°F (48,9°C) atau khlorin menjadi sangat korosif pada suhu lebih dari 120°F. Beberapa sanitaiser tidak efektif pada suhu 40°F (4,4°C) atau di bawahnya.

c. Konsentrasi

Peningkatan konsentrasi sanitaiser akan meningkatkan kecepatan destruksi bakteri. Rekomendasi perusahaan umumnya adalah 50 persen margin of safety. Larutan sanitaiser harus diperiksa secara rutin dan diganti bila menjadi terlalu lemah dan biasanya disediakan “test kits” oleh perusahaan. Untuk beberapa sanitaiser warna dan bau dari larutan dapat merupakan indikasi kekuatan.

d. pH

Merupakan faktor kunci dalam efisiensi sanitaiser. Perubahan pH yang kecil saja sudah dapat mengubah aktivitas antimikroba dari sanitaiser. Senyawa-senyawa khlorin dan yodium umumnya menurunkan efektivitasnya dengan kenaikan pH. Khlorin akan kehilangan efektivitas dengan cepat pada pH lebih dari 10, sedangkan Yodium pada pH lebih dari 5.0. Pada umumnya makin tinggi pH, sanitaiser makin kurang efektif, kecuali quat (quaternary ammonium compounds) paling efektif pada pH agak basa (pH 7 - 9).

e. Kebersihan alat

Alat harus benar-benar bersih agar diperoleh kontak yang baik antara sanitaiser dengan permukaan alat. Di samping itu senyawa hipoklorit, senyawa khlorin lain, senyawa yodium, dan sanitaiser lain dapat bereaksi dengan bahan organik dari cemaran yang belum dihilangkan dari peralatan dan menurunkan efektivitasnya.

f. Kesadahan air

Bila air terlalu sadah (lebih dari 200 ppm kalsium), jangan menggunakan senyawa quat kecuali bila digunakan juga senyawa sequestering atau chelating. Pencampuran senyawa quat mampu mengimbangi kesadahan hingga 500 ppm. Bila tidak ada senyawa sequestering, air sadah akan membentuk lapisan pada permukaan alat. Sanitaiser dengan efektivitas optimum pada pH rendah (2 - 3) seperti iodophores, juga kurang efektif pada air sadah karena pH air akan naik. Efektivitas bakterisidal dari hipoklorit tidak dipengaruhi oleh air sadah, tetapi dalam air yang sangat sadah (500 ppm) dapat terbentuk endapan.

g. Incompatible agents

Kontaminasi khlorin atau yodium dengan deterjen alkali akan menurunkan efektivitas dengan cepat, karena pH akan naik. Kontaminasi senyawa quart dengan senyawa-senyawa asam (misal deterjen anionik dan beberapa fosfat), menyebabkan quart tidak efektif.