Selain bahan baku yang berasal dari tumbuhan, pembuatan pakan ikan juga dapat menggunakan bahan baku hewani. Bahan baku hewani ini mempunyai keunggulan yaitu memiliki kandungan protein yang tinggi. Meski demikian biasanya harga bahan baku hewani ini relatif lebih mahal dibanding bahan baku pakan ikan nabati.

Beberapa bahan baku hewani yang sering digunakan untuk membuat pakan ikan adalah :

1. Tepung Ikan
Berasal dari ikan sisa atau buangan yang tidak dikonsumsi oleh manusia, atau sisa pengolahan industri makanan ikan, sehingga kandungan nutrisinya beragam, tapi pada umumnya berkisar antara 60 – 70%. Tepung ikan merupakan pemasok lysin dan metionin yang baik, di mana hal ini tidak terdapat pada kebanyakan bahan baku nabati. Mineral kalsium dan fosfornya pun sangat tinggi, dan karena berbagai keunggulan inilah maka harga tepung ikan menjadi mahal.

Kandungan nutrisi tepung ikan :

• Protein kasar 60 – 70 %
• Serat kasar 1,0 %
• Kalsium 5,0 %
• Fosfor 3,0 %

• Protein kasar 80 %
• Lemak kasar 1,6 %
• Serat kasar 1,6 %

Kelemahan dari tepung darah adalah miskin isoleucin dan rendah kalsium dan fosfor, juga bila dipakai lebih dari 5% akan menimbulkan efek “bau darah” pada ikan.

3. Sisa Potongan Rumah Jagal/Tepung Tulang
Berasal dari tulang-tulang dengan sedikit daging yang melekat, kemudian dikeringkan dan digiling, di pasaran biasa disebut tepung tulang. Bahan ini dapat digunakan antara 2,5 – 10% dalam formula pakan dan lebih bersifat sebagai pendamping tepung ikan. Bila digunakan berlebihan, tentu tidak menguntungkan, karena kalsium akan terlalu banyak sehingga menurunkan selera makan.

4. Protein Sel Tunggal
Sebagai sumber protein, memang protein sel tunggal dapat dijadikan alternatif dari cara yang sudah ada. Kandungan proteinnya beragam sekali, mulai dari 30 – 80%, tergantung dari bahan protein sel tunggalnya yaitu bakteri, jamur, ragi dan alga.

5. Tepung Bulu Terolah
Tepung bulu diperoleh dengan merebus bulu unggas dalam wadah tertutup dengan tekanan 3,2 atmosfer selama 45 menit dan dikembalikan lagi pada tekanan normal, setelah itu dikeringkan pada temperatur 60oC dan digiling hingga halus. Tepung bulu mempunyai energi metabolis 2354 kal/kg dan asam amino tersedia sebesar 65% dan penggunaannya maksimal 10%.

6. Limbah Unit Penetasan Ayam
Dalam penetasan telur ayam ras, ada telur-telur yang tidak bertunas atau bertunas tapi mati, yang biasanya menjadi limbah. Limbah unit penetasan ini akan berguna sekali untuk makanan unggas dan ikan.